Utnevnt til major i 1807 og beordret til Sønnenfjelske Generalkommando, kimen til den senere norske generalstab. Ble i 1813 av stattholder Christian Frederik satt til å utarbeide en forsvarsplan for den forestående krig mot Sverige. Under de følgende måneders strid om en offensiv eller defensiv operasjonsplan var Sejersted en overbevist motstander av tanken om en offensiv inn i Sverige. De norske operasjoner under det korte felttoget sommeren 1814 var basert på Sejersteds forsvarsplan.