Johan F. W. Haffner var sønn av en oberstøytnant og selv offiser. I 1814 forlot han dansk tjeneste og trådte inn i den norske generalstaben som generaladjutantløytnant. Haffner stod Frederik av Hessen nær og hørte derfor i 1814 til prins Christian Frederiks nærmeste krets. I 1813 var han med i kommisjonen som skulle vurdere Norges militære stilling med henblikk på å angripe Sverige. I 1814 var han blant dem som reiste med prins Christian Frederik til Trondheim. Siden samme år deltok han på Notabelmøtet, og han var også tilstede på Eidsvoll da riksforsamlingen var samlet.
I 1815 søkte han avskjed og trakk seg tilbake på gården Dal i Ullensaker.