Etter å ha innehatt diverse kall i Norge og Danmark ble Pavels i 1805 utnevnt til slottsprest på Akershus og sogneprest i Aker. I Christiania ble han en populær predikant og kom med i byens ledende kretser.
De politiske begivenhetene i årene omkring 1814 opptok ham sterkt. Til å begynne med var han varm tilhenger av Christian Frederik. Men han kom til å oppfatte prinsen som en svak leder og utviklet seg til en fornuftsmessig tilhenger av en union med Sverige. Pavels oppnådde Carl Johans gunst og ble i 1817 utnevnt til biskop i Bergen.
Pavels’ dagbøker 1812-1822 utgjør fem trykte bind og er en viktig kilde til begivenhetene i 1814 og etableringen av Norge som en selvstendig stat. Dessverre utgjør de trykte dagbøkene bare et utdrag av de originale dagbøkene som ble brent av Pavels’ dattersønn.